Dưới tác động từ thông điệp của Giáo hoàng Piô XI, cũng như Giám mục Lê Hữu Từ, ông kịch liệt chống đối những người Cộng sản. Năm 1946, ông được Hội đồng Ðịa phận Phát Diệm đề cử ra tranh cử Quốc hội Việt Nam Dân chủ Cộng hòa nhưng ông đã khước từ. Cùng với Giám mục Từ, ông đã có sự tham gia rất lớn trong việc hình thành những đội vũ trang Tự vệ Công giáo, xây dựng các giáo khu Phát Diệm, sau đó là Bùi Chu, trở thành những khu vực tự trị với chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Theo linh mục Trần Tam Tỉnh, các lực lượng tự vệ này bị cho là "vượt xa tư cách gọi là chỉ để tự vệ khi bị cộng sản tấn công, bởi vì nó tung ra các hoạt động chủ yếu là hành quân càn quét, có khi bao trùm cả vùng, có lúc chỉ ở địa phương nhỏ." [1]

Năm 1950, người Pháp đã kiểm soát được phần lớn Đông Dương. Tuy nhiên, họ vẫn để giáo khu Bùi Chu – Phát Diệm được giữ quyền tự trị với những điều kiện thỏa hiệp không chống Pháp và nhận trang bị vũ khí của người Pháp để vũ trang cho giáo dân chống Việt Minh.